|
|
Non-template activities of DNA/RNA polymerases and their significance
Pokorná, Kristýna ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Pospíšil, Jiří (oponent)
Netemplátové přidávání adenosinu na 3' konec produktu u některých DNA polymeráz často využívaných v molekulární biologii je dosud neobjasněný fenomén, se kterým se potýkáme již několik desetiletí. Existuje jen málo jiných příležitostí, při kterých dochází k netemplátovému přidávání adenosinu na 3' konec informační molekuly v buňce, a jednou z nich je právě polyadenylace. Zároveň je známo, že určité RNA viry vykazují podobné aktivity v rámci polyadenylace či ko-transkripční modifikace svých mRNA. Tato práce se zaměřuje na detaily těchto tří procesů, na vztahy mezi nimi a dochází k závěru, že jsou všechny odvozeny ze stejné konzervované vlastnosti ancestrální polymerázy. Klíčová slova: DNA polymeráza, RNA polymeráza, netemplátová syntéza, Taq polymeráza, polyadenylace
|
|
|
Construction of modified DNAs with selected reactive or protective groups
Vaníková, Zuzana ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Křen, Vladimír (oponent) ; Zimčík, Petr (oponent)
Tato dizertační práce je zaměřená na syntézu DNA modifikované pomocí fotolabilních 2-nitrobenzylových chránících skupin a jejich aplikace v procesu regulace genové exprese. V první části mojí disertační práce je popsaná syntéza 2'-deoxyribonucleozid trifosfátu chráněných fotolabilními chránicími skupinami a jejich fotolýza na odchráněné hydroxymethylové trifosfáty. Všechny připraveny nukleosid trifosfáty byly dobrými substráty pro jejich enzymatickou inkorporaci do DNA. Syntetizovaný 5-(2-nitrobenzyloxy)methyl-2'- deoxyuridin-5'-monofosfát (dUNBMP) a DNA s jednou 5-(2-nitrobenzyloxy)methyl- modifikaci v sekvenci byli použity v podrobné studii kinetiky fotolytických reakcí. V druhé časti disertační práce byla připravena série modifikovaných DNA se specifickou sekvenci pomoci PEX a/nebo PCR. Štěpení modifikované DNA bylo studováno v přítomnosti vybraných restrikčních endonukleáz (RE). Ve všech případech byla DNA modifikovaná nitrobenzylovými skupinami úplně rezistentní vůči štěpení RE. V případě hydroxymethylové DNA s pozitivním štěpením pomoci RE, byly studovaný podmínky ochránění 2-nitrobenzylových zbytku na DNA, tedy 2-nitrobenzylové skupiny se jeví jako využitelné, bioortogonální přechodní chránění DNA proti štěpení restrikčními endonukleázami. V závěrečné časti, byly syntetizované...
|
host ::
RSS.